La estomatitis subprótesis es una alteración muy frecuente encontrada en pacientes rehabilitados protésicamente la cual presenta una etiología multifactorial. La presente investigación estuvo encaminada a identificar los factores de riesgo que más incidieron en los pacientes con estomatitis subprótesis atendidos en la consulta de prótesis del policlínico Camilo Cienfuegos de San Cristóbal en el período comprendido desde mayo 2012 a diciembre 2013. Para ello se realizó un estudio analítico transversal tomándose una muestra intencional de 57 pacientes afectados y por cada uno de ellos se tomó uno que no presentaba la patología para poder realizar el análisis de riesgo relativo de cada factor. Se analizaron las variables: edad, sexo, grado de la estomatitis y factores de riesgo. Se realizó el interrogatorio, examen físico y se confeccionó la Historia Clínica individual a la que se le anexó una encuesta que recogió la información de interés. Los datos obtenidos se crearon en Microsoft Excel y se procesaron mediante el paquete estadístico SPSS, versión 10.0 para Windows. Los resultados finales se reflejaron en cifras absolutas y se determinó el grado de asociación de las variables para un nivel de significación de 0,05. Como principales resultados obtuvimos que la afectación por esta patología fue mayor en el grupo de 35 a 59 años, el sexo femenino fue el más afectado, predominó la estomatitis subprótesis grado II y los principales factores de riesgo encontrados fueron: higiene bucal deficiente, prótesis desajustada, uso continuo, tiempo de uso y tabaquismo.