La vigilancia epidemiológica y la atención clínica de las malformaciones, constituyen grandes retos y desafíos en el Sistema de salud cubano, se realizó una investigación de acción aplicación, de corte longitudinal y retrospectivo, en 110 casos reportados con interrupciones de embarazo a causa de malformaciones congénitas en el periodo enero 2005 a Diciembre 2009 en el hospital José Ramón Martínez del Municipio de Guanajay, con el objetivo de profundizar en las principales características clínico, epidemiológico y genético en la prevalencia del número de casos con Interrupciones del embarazo por malformaciones congénitas y proponer acciones interventoras, en todos los casos se utilizaron las Historias Clínicas y el Tarjetón Obstétrico se solicitó el consentimiento informado a todas partes implicadas en el estudio y la aplicaron de encuestas. El 8,3 % de las interrupciones fueron por malformaciones congénitas, las del Sistema Nervioso Central y los defectos del Tubo Neural las más frecuentes. El medio diagnóstico más usado fue el ultrasonido, y el método de interrupción más empleado fue el uso de las prostaglandinas. El estudio realizado demostró que los valores de interrupciones por defectos congénitos en la región no difieren de lo recogido a nivel nacional e internacional, además confirmó que el programa de diagnóstico prenatal de malformaciones congénitas en la provincia fue capaz de prever un alto por ciento de ellas. La pesquisa activa, la captación precoz y el suplemento de las deficiencias de folatos, constituyeron las principales propuestas de acciones interventoras.